وقد انطوت برحيله أروع صفحة من صفحات الرسالة الإسلامية التي أمدّت المجتمع الاسلامي بعناصر الوعي والازدهار.
وقام ولده الإمام الصادق ((
)) بتجهيز الجثمان المقدس فغسّله وكفنه، وهو يذرف أحر الدموع على فقد أبيه الذي ما أظلت على مثله سماء الدنيا في عصره علماً وفضلاً وحريجة في الدين.
ونقل الجثمان العظيم ـ محفوفاً بإجلال وتكريم بالغين من قبل الجماهير ـ الى بقيع الغرقد، فحفر له قبراً بجوار الإمام الأعظم أبيه زين العابدين ((
)) وبجوار عم أبيه الإمام الحسن سيد شاب أهل الجنة ((
)) وأنزل الإمام الصادق أباه فى مقرّه الأخير فواراه فيه، وقد وارى معه العلم والحلم، والمعروف والبر بالناس.
لقد كان فقد الإمام أبي جعفر ((
)) من أفجع النكبات التي مُني بها المسلمون في ذلك العصر، فقد خسروا القائد، والرائد، والموجه الذي بذل جهداً عظيماً في نشر العلم، وبلورة الوعي الفكري والثقافي بين المسلمين.